Era Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij
Stasiun ini dibangun sekitar akhir abad ke-19 oleh perusahaan Kereta Api Hindia Belanda pada saat itu, Nederlands-Indische Spoorweg Maatschappij dengan ditandakan pembangunan jalur kereta api pertama di Batavia yang menghubungkan Klein Boom (sekitar daerah Sunda Kelapa) dan Halte Koningsplein pada tahun 1869. Kemudian dikembangkan lagi sampai ke Buitenzorg pada tahun 1871 hingga tahun 1873.[3]
Setelah membangun jalur, NIS, Staatsspoorwegen (SS), dan Jawatan Pekerjaan Umum Hindia Belanda turut mengembangkan lintas, seperti membangun jalur kereta api dari Sunda Kelapa menuju Pelabuhan Tanjung Priok, serta membangun Stasiun Tanjung Priok lama yang dibuka pada tanggal 2 November 1885 bersamaan dengan pembukaan Pelabuhan Tanjung Priok.
Era Staatsspoorwegen dan akhir riwayat
Pada tahun 1913, SS resmi mengakuisisi jalur kereta api Batavia–Buitenzorg. Stasiun ini kemudian dinamakan Batavia Noord Untuk membedakan Stasiun Batavia Zuid yang terpisah 200 m di selatan stasiun ini. Pada tahun 1923, Stasiun Batavia Noord untuk sementara menjadi stasiun pusat dan diperbesar baik bangunan maupun emplasemennya. Stasiun ini mengambil alih peran Batavia Zuid sehubungan dengan rencana pembangunan stasiun baru yang lebih besar di lokasi itu. Stasiun tersebut memiliki peron-peron yang sederhana dan dilengkapi dengan listrik untuk kereta ke Stasiun Tanjung Priok, Stasiun Meester Cornelis dan Stasiun Manggarai. Sempat direncanakan untuk membangun atap peron yang rendah, tetapi tidak pernah terwujud. Stasiun ini kemudian ditutup sehubungan dengan digunakannya stasiun baru Stasiun Batavia-Benedenstad pada tahun 1929 yang telah selesai dikerjakan
Saat ini lokasi stasiun berada di area yang sekarang menjadi kompleks Bank BNI Kota Tua Jakarta. Selain itu ditemukan juga beberapa potongan rel dan bekas jembatan Kereta Api di sekitar area tersebut.